南日本の太平洋岸、伊豆・小笠原諸島、琉球列島、インド・太平洋、大西洋南東部のサンゴ礁域に生息。オスは尾の付け根が黄色い。幼魚は黄色い体にはっきりとした黒い斑点がある。幼魚はハコフグとよく似ており、ミナミハコフグのほうが黒い斑点が大きいとされることもあるが、見た目での判断は難しい。